可以等二次手术结束后再赔偿。根据《工伤保险条例》规定，工伤赔偿应涵盖治疗费用。若选择分批赔偿，单位需先支付前期费用，待二次手术结束后再赔偿后续费用。若不及时处理，可能影响伤者治疗及合法权益。
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工伤赔偿处理方式有一次性赔偿和分批赔偿两种。选择时需考虑伤者治疗需求及单位支付能力。若治疗周期长，建议分批赔偿；若双方同意，也可一次性解决以避免后续纠纷。
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可等二次手术后赔偿。具体操作：1.与单位协商赔偿方式，明确一次性或分批；2.若选择分批，需确保单位先支付前期治疗费用；3.保留所有医疗单据，作为后续赔偿依据；4.二次手术后，根据治疗情况再次与单位协商最终赔偿金额。